Novara

Sinh ra ở Maia, Vùng đô thị Porto, Fernandes chơi hầu hết phần lớn thời còn trẻ cho câu lạc bộ địa phương Boavista FC. Vào ngày 27 tháng 8 năm 2012, anh gia nhập Novara Calcio tại Ý.[2]

Chỉ sau vài tuần với đội trẻ, Fernandes đã được thăng hạng lên đội một ở Serie B, và tiếp tục ra sân hơn một nửa số trận đấu trong mùa giải 2012–13, giúp đội của anh ấy đứng thứ 5 và dành vé dự play-off.

Udinese

Vào mùa hè 2013, Fernandes đã ký hợp đồng với Udinese Calcio trong một thỏa thuận đồng sở hữu cầu thủ.[3] Anh ra mắt ở Serie A vào ngày 3 tháng 11, vào sân trong hiệp hai trong trận thua 0–3 trên sân nhà trước Inter Milan.[4]

Fernandes đã ghi bàn thắng đầu tiên vào ngày 7 tháng 12 năm 2013, trong trận hòa 3—3 trước S.S.C. Napoli.[5] Anh ấy đã ghi bàn một lần nữa trong trận đấu thứ hai giữa hai đội ở trận lượt về (tỷ số hòa 1—1).[6]

Sampdoria

Vào ngày 16 tháng 8 năm 2016, Fernandes chuyển đến U.C. Sampdoria theo một bản hợp đồng cho mượn kèm điều khoản mua đứt.[7][8] Anh ra mắt giải đấu 12 ngày sau đó, chơi sáu phút trong chiến thắng 2–1 trên sân nhà trước Atalanta BC.[9]

Fernandes đã ghi bàn thắng đầu tiên cho đội bóng mới của mình vào ngày 26 tháng 9 năm 2016, trong trận thua 1–2 trước Cagliari Calcio.[10] Anh đã ghi 5 bàn sau 33 lần ra sân ở Serie A trong mùa giải 2016–17,[11] giúp đội bóng về đích ở vị trí thứ mười.

Sporting CP

Vào ngày 27 tháng 6 năm 2017, sau khi trở về từ Giải vô địch bóng đá U-21 châu Âu 2017, Fernandes đã gia nhập Sporting CP trong bản hợp đồng 5 năm, với mức phí khoảng 8,5 triệu euro cộng với tiền thưởng và điều khoản mua lại là 100 triệu euro.[12] Anh đã ghi bốn bàn thắng trong năm trận đầu tiên ở Primeira Liga, bao gồm cú đúp trong chiến thắng 5–0 trước Vitória de Guimarães.[13][14]

Manchester United

Vào ngày 29 tháng 1 năm 2020, câu lạc bộ Manchester United xác nhận họ đã đạt được thỏa thuận với Sporting về việc chuyển nhượng Fernandes với mức phí được báo cáo lên tới 68 triệu bảng, tùy thuộc vào thành tích của cầu thủ này.[15][16] Ngày hôm sau, câu lạc bộ chính thức hoàn tất việc ký hợp đồng với Fernandes, mức phí ban đầu khoảng 47 triệu bảng,[17] trong hợp đồng năm năm rưỡi.[18][19]

Vào ngày 1 tháng 2 năm 2020, anh có trận ra mắt cho United trong trận hòa 0-0 trước Wolverhampton Wanderers tại Premier League.[20] Trong chiến thắng 2–0 trên sân khách của Manchester United trước Chelsea vào ngày 17 tháng 2, anh đã kiến tạo ở bàn thắng thứ hai từ một quả đánh đầu của Harry Maguire.[21] Fernandes đã ra sân khá muộn từ băng ghế dự bị cho Manchester United trong cuộc đối đầu với Club Brugge trong trận hòa 1–1, đây là trận ra mắt đầu tiên ở Cúp châu Âu của anh cho câu lạc bộ.[22] Vào ngày 23 tháng 2 năm 2020, Bruno đã góp 1 bàn thắng và in dấu giày trong cả hai bàn thắng còn lại, qua đó giúp nửa đỏ thành Manchester đánh bại Watford với tỷ số 3-0.[23] Anh đã có bàn thắng đầu tiên tại đấu trường châu Âu cho câu lạc bộ, ghi được trong trận lượt về cúp UEFA Europa League thuộc vòng 32 đội trước Club Brugge tại sân Old Trafford, anh ghi bàn từ một quả phạt đền, giúp câu lạc bộ giành chiến thắng 5–0.[24] Vào cuối tháng, Fernandes được bầu chọn là cầu thủ của tháng của Manchester United.[25] Vào ngày 16 tháng 3, Bruno đã được bầu chọn là cầu thủ xuất sắc nhất tháng của Premier League.[26] Tiếp đến, Fernandes cũng ẵm luôn danh hiệu Cầu thủ hay nhất tháng 2 của Ngoại hạng Anh do Hiệp hội cầu thủ chuyên nghiệp Anh (PFA) bầu chọn.[27] Vào ngày 8 tháng 3 năm 2020, Bruno đã có 1 kiến tạo cho Anthony Martial ghi bàn trong trận derby thành Manchester, góp phần làm nên chiến thắng 2-0 trước đoàn quân của Pep Guardiola. Anh cũng chính là cầu thủ đầu tiên của Manchester United ghi bàn thắng đầu tiên từ chấm 11m.